Έτος 1999. Η ζωή κυλά ήρεμα για τoν νεαρό χάκερ Τόμας Άντερσον, μέχρι τη στιγμή που προσεγγίζεται από τον αινιγματικό Μορφέα. Ο τελευταίος είναι αυτός που θα του αποδείξει πως η ζωή του δεν είναι τίποτε άλλο από ένα ψέμα, αφού στην πραγματικότητα πρόκειται για το έτος 2199 και οι μηχανές έχουν καταλάβει τον κόσμο. Τα κομπιούτερς έχουν δημιουργήσει μια εικονική πραγματικότητα της ζωής του 20ου αιώνα το Μάτριξ, όπου εκμεταλλεύονται την ενέργεια των ανθρώπων προς όφελός τους. Ο Μορφέας αποκαλύπτει στον Άντερσον πως αυτός είναι «ο εκλεκτός», που σύμφωνα με το μύθο, θα πολεμήσει ενάντια στις μηχανές και θα απελευθερώσει τους ανθρώπους. Στην αρχή, ο Άντερσον διστάζει να τον πιστέψει, όταν όμως αντιλαμβάνεται ότι οι «Πράκτορες» (προγράμματα με ανθρώπινη μορφή) βρίσκονται στο κατόπι του με σκοπό να τον σκοτώσουν, αποφασίζει να πάρει την τύχη στα χέρια του και να αγωνιστεί ενάντιά τους.